Em 2005, iniciou-se um estudo de viabilização de administração própria do sistema de água, o qual se concretizou a partir de maio de 2006, implantado como um Departamento da Secretaria de Viação, Obras e Serviços Públicos na estrutura administrativa do Município de Mercedes, denominado Serviço Municipal de Ãgua e Esgoto (SEMAE).
A partir de Maio de 2013, o SEMAE passou a contar com sede própria localizada na Avenida João XXIII, 672, centro. O telefone para atendimento é o (45) 3256-8080 e o plantão (45) 8816-4556.
O SEMAE conta com sete sistemas distintos de Abastecimento de Ãgua potável, que estão localizados na Sede e nas localidades de Novo Rio do Sul, Sanga Forquilha, Arroio Guaçu, Três Irmãs, Nova Esperança e Sanga XV de Novembro. E uma solução alternativa coletiva localizada na linha São Marcos que abastece aquela localidade e a comunidade Aimoré.
Os recursos financeiros provenientes do Sistema de água, através das receitas vindas diretamente do consumo de água, das ligações e religações, multas e juros, são direcionados totalmente ao departamento, o qual se destina exclusivamente à infraestrutura do mesmo, sendo usado para melhorar e ampliar as redes de água, atendendo melhor à população e beneficiando mais famílias com água potável.
A água é tratada e fornecida à população pelo SEMAE, dentro dos padrões de potabilidade estabelecidos pela Portaria n° 2914/GM -12/12/2011 do Ministério da Saúde, com o objetivo de oferecer à população água tratada e de boa qualidade.